北京市環境保護科學研究院（以下簡稱北京市環科院）是全國第一家從事環境保護的科研機構。她的前身是1957年成立的建工部市政研究所，1973年改名為北京市環境保護科學研究所，1994年正式改為北京市環境保護科學研究院。
北京市環科院現有職工237人，其中，研究員及教授級高級工程師7人、副研究員及高級工程師59人、享受國務院政府津貼16人，獲國家級、市級突出貢獻專家8人。
作為我國首批有權授予環境工程碩士學位的單位，歷年來北京市環科院已培養碩士研究生100余人。
北京市環科院下設：大氣污染防治研究所、水環境與水資源保護研究所、環境規劃與政策法規標準研究所、固廢污染防治研究所、污染場地評價與修復研究所、生態與城市環境研究所、環境分析測試中心、環境模擬與信息中心、環境工程設計所、環境技術咨詢所、總工程師辦公室。
以北京市環科院為依托單位的工程中心和重點實驗室有：國家城市環境污染控制工程技術研究中心（國家科技部）、國家環境保護工業廢水污染控制工程技術（北京）中心（國家環境部）、污染場地風險模擬與修復北京市重點實驗室（北京市科委）、北京水環境技術與設備研究中心（北京市科委）。
北京市環科院具有國家建設項目環境影響評價甲級資格證書、環境污染治理設施運營（生活污水、工業廢水）甲級資質，以及國家發改委頒發的工程咨詢甲級資質證書。北京市環科院所屬的“北京市環科環境工程設計所”，具有市政行業排水工程專業甲級設計資質、環境工程（水污染防治工程）專項甲級設計資質、固體廢物處理處置工程專項乙級設計資質。
經過在環保戰線50余年的發展、建設，北京市環科院在技術研究、法規制定、污染控制工程設計、生態工程建設、環境影響評價、區域規劃、產品開發等方面均取得了豐碩的成果。其中，獲得國家級各種科技獎勵近30余項，獲省（部）級科技獎勵140余項，取得國家重點環境保護實用技術與專利60余項，并且多次在北京市科研院所“改革與發展”考評中獲得一、二等獎勵。
多年來，北京市環科院完成了大量科研項目，開發出多種實用化技術，同時為改善首都環境質量，承擔了大量重大、急需的研究項目，為國家及北京市政府環境決策提供了重要的技術支持與服務。迄今為止，北京市環科院共完成各類環境科學與環境技術方面的研究項目900余項。在全國近30個省（市）自治區（包括香港地區）完成治理工程1500余項，環境影響評價3500余項。
