環境與生態前沿交叉研究院注重前沿科學的探索研究與學科發展的交叉融合，以重大科學問題為導向，積極整合不同專業學科的優勢，突破單一學科難以解決的重大科學技術問題。致力于對接國家教育科技發展的重大需求、搶占國際環境與生態創新的最新前沿、打造世界知名的可持續發展領域交叉科創高地，支撐學校“雙一流”建設和“一體兩翼”辦學布局。
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環境與生態前沿交叉研究院的建設模式按照理事會組織模式和運行機制。實行理事會領導下的院長負責制和首席科學家PI領導下的項目團隊組織架構。PI由理事會全球選拔推薦。理事會是交叉研究院的最高決策機構，理事會的主要職責為審議交叉研究院的規章制度、發展戰略、發展規劃、工作報告等，是交叉研究院的最高決策機構，也是人才隊伍建設、科學研究、創新性成果的評估與咨詢機構。
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