杭州市環境保護科學研究設計有限公司成立于2005年，原為杭州市環保系統下屬單位。2016年4月，根據全國環保系統環評機構脫鉤工作要求，公司整體劃轉至杭州市城投集團。2021年9月，公司成建制劃入杭州市水務集團。
公司主營業務包括場地調查評估、環境影響評價、生態環境規劃及其他環保技術咨詢服務。公司下設環評咨詢部（調查評估部）、規劃發展部和綜合市場部，擁有一支三十余人的生態環境領域專業技術團隊。2021年6月，公司與浙江工業大學成立了環境修復聯合研發中心。
公司現為浙江省環境科學學會理事單位、浙江省環境影響評價及監理行業協會理事單位、浙江省環保產業協會會員單位、杭州市環保產業協會副會長單位、浙江省重點行業企業用地土壤污染狀況調查專業機構推薦單位，2018-2021年度浙江省污染地塊調查評估和治理修復從業優秀單位（調查評估類和效果評估類），2019年度浙江省環境影響評價機構信用等級A（信用優秀）。
